Dans son rapport sur la certification des comptes 2008, la Cour des comptes tance les secrétaires généraux des ministères, qui ne feraient pas assez d’efforts pour mettre en place des équipes d’audit interne. Seuls Bercy et l’Agriculture possèdent un dispositif "opérationnel", "indépendant et doté de moyens suffisants".

Des efforts ont été faits à la Défense et au ministère du Travail mais ailleurs, "les dispositifs d’audit interne restent caractérisés par leur éclatement, leur caractère embryonnaire, voire leur inexistence en raison de l’absence de priorité qui leur est accordée", critique la rue Cambon.